プレイヤーはキャラクターを率いて、ネウロイ（または演習用のダミー）と戦います。
シミュレーションパート開始時に「勝利条件」「敗北条件」が提示されます。「勝利条件」を満たすことで勝利となり、次の話を進めることができますが、「敗北条件」を満たすとゲームオーバーとなります。
勝利条件、敗北条件は、各話によって異なります。勝利条件、敗北条件は複数ある場合もあります。

勝利条件の例。メニューから「移動」コマンドを 選択し、竹井を所定の場所に向けて移動させましょう。	敗北条件の例。撃墜されると、ゲームオーバーになります。体力パラメータを確認しながら、 慎重に行動させましょう。

シミュレーションパートはリアルタイムにゲームが進行します。
プレイヤーは次々にキャラクターに指令を出すことができます。
指令を出さないキャラクターはそのまま動きません。

全体メニューを表示したところ。指令を出さないとキャラクターたちは動きません。	行動指定直後。コマンドが実行されると、音声で「了解！」などメッセージが再生されます。

シミュレーション開示時は、ネウロイが表示されていません。これはネウロイを視認できていないためです。シミュレーション開始直後はネウロイを見つけ出すことが目的となります。

また、ネウロイ側もキャラクターを見ることができません。
索敵の範囲については、各キャラクターの「視認」によって、広さが変わります。

先攻する坂本。マップには特に何も表示されていませんが……。	ネウロイを発見！視認することで、ネウロイを攻撃することができようになります。